Деревня Клишино расположена на западе Московской области, в юго-западной части Волоколамского городского округа, примерно в 15 км юго-западу от города Волоколамска, на левом берегу впадающей в Щетинку небольшой речки Чернавки (бассейн Рузы). В деревне 7 улиц — Заречная, Лесная, Луговая, Новая, Полевая, Садовая и Центральная, 1 микрорайон, приписано 1 садоводческое товарищество. Связана прямым автобусным сообщением с районным центром (маршруты № 22, 26, 27, 29).